Безусловно, одной из причин всплеска религиозного сознания среди мусульманских народов бывшего СССР стала десятилетняя война в Афганистане (1979-1989 гг.). В первую очередь призыв в 40-ю армию, ведущую боевые действия в ДРА, осуществлялся среди приграничных среднеазиатских районов. Доля потенциальных мусульман, погибших во время афганской войны (21,3% от числа погибших) даже превысила их удельный вес в общей численности населения страны (17,6%). В Афганистане мы потеряли 14 тыс. 626 советских военнослужащих, более 3 тыс. человек из традиционно сложившихся мусульманских регионов. Чеченцы вспоминали о том, что уже в 80-х гг. они отказывались от призыва в армию, чтобы не попасть в Афганистан и не воевать против братьев по вере. Известны случаи, когда призывники из Чечено-Ингушетии, следующие к призывным пунктам в поездах вывешивали в окнах флаги с исламской символикой. В Чечено-Ингушетии это явление получило название "зеленых эшелонов".

К 1990 г. открыто говоривших о своей религиозности в армейской среде насчитывалось 32%. При социологических опросах подавляющее большинство военнослужащих говорили о том, что "в обществе и армии образовался духовный вакуум, который крайне негативно сказывается на воспитании, взаимоотношениях и нравственности молодежи, составляющей большую часть военнослужащих". Выход из этого положения опрошенные видели в приближении к религиозным ценностям и возвращении к духовным традициям Русской армии.

В середине 90-х гг. 43% верующих военнослужащих - призывников из Поволжья (татар и башкир) и 61% из Северного Кавказа исповедовали ислам. Понимание религии представителями мусульманских народов основывалось преимущественно на традициях предков, строгом следовании религиозным канонам в повседневной жизни. Как правило, при опросах более трети военнослужащих-мусульман отмечали, что воспитывались в семьях, где родители были истово верующими.

Недоучет "исламского фактора", перегибы в советской антирелигиозной политике повлекли за собой негативные последствия в постсоветский период. При распределении на различные должности в элитные воинские части сегодня, как и несколько лет назад, привилегией пользуются воины славянских национальностей. В начале 90-х призывники-мусульмане из Средней Азии, Закавказья, Северного Кавказа попадали чаще в хозяйственные, военно-строительные, дорожные подразделения. Некоторые западные исследователи даже усматривали в этом ущемление прав верующих и инакомыслящих.

Так или иначе, но в начале 90-х гг. в ряде частей Московского округа ПВО должности каптенармусов, хлеборезов, ответственных за подсобное хозяйство занимали до 70% так называемых националов, в большинстве - выходцев из мусульманской среды. В то же время водители и операторы подвижных комплексов на 90% состояли из русских, украинцев, белорусов. Перед назначением они проходили подготовку в учебных соединениях (частях), и после службы в армии возвращались домой, получив хорошую специальность. Большинство мусульман такой возможности не имели.

При комплектовании командных кадров представители неславянских национальностей также отодвигались на второй план. Так что карьера генералов-"националов" - чеченца Джохара Дудаева, ингуша Руслана Аушева, карачаевца Владимира Семенова скорее является исключением из общего правила. Согласно же статистическим данным, в 1995 г. представители 126 национальностей из 21 республики и 10 автономных округов Российской Федерации составляли всего 3% от общей численности офицерского состава.

Офицеры не могли предотвратить негативных межнациональных отношений в воинской среде: многие командиры и политработники слабо знали особенности национальной психологии, традиций и обычаев. В большинстве частей и соединений отсутствовала планомерная методика работы с военнослужащими разных национальностей. В военно-учебных заведениях МО РФ этому не уделялось должного внимания.

Уже в конце 80-х гг. командование воинских частей было поставлено перед фактом, что неуставные взаимоотношения, основанные на разделении военнослужащих срочной службы по годам призывов ("дедовщина" и "годковщина") были явно оттеснены на второй план таким явлением, как "землячества" (неуставные взаимоотношения, основанные на разделении военнослужащих по национальному или региональному признаку). К началу 90-х гг. две трети всех преступлений, в основе которых лежали неуставные взаимоотношения, были совершены военнослужащими из Средней Азии и Закавказья. На долю солдат славянских национальностей приходилось более 80% самоубийств. Среди предпосылок возникновения межнациональных конфликтов в воинских коллективах было и грубое попрание как командирами, так и сослуживцами особенностей религиозных обычаев, возможности исполнять обязательные обряды своей религии.